Der Norden (der frühere Kreis Aschendorf-Hümmling) und die Mitte (der frühere Kreis Meppen) des heutigen Landkreises sowie ein schmaler Korridor zwischen den Grafschaften Bentheim und Lingen (Lohne, Emsbüren und Salzbergen) gehörte bis 1803 zum Niederstift Münster, zwischen 1803 und 1810 war es Teil des Herzogtum Arenberg. Der Süden (der frühere Kreis Lingen) bildete größtenteils die Niedergrafschaft Lingen und war seit 1702 preußisch.
1810 wurde das heutige Kreisgebiet Teil des französischen Kaiserreichs. Seit 1814 gehörten Emsland und Hümmling zum Könogreich Hannover. Mit diesem fielen sie 1866 an Preußen. Seit 1946 gehören sie zum Bundesland Niedersachsen.
Der heutige Landkreis wurde durch die Kreisreform am 1. August 1977 aus den Landkreisen Aschendorf-Hümmling, Meppen und Lingen gebildet. In vielen Statistiken des Landkreises spiegelt sich diese Aufteilung in Emsland-Nord, Emsland-Mitte und Emsland-Süd wider.
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