Vorläufer des Kreises Borken waren historische Gerichtsbezirke und die historischen Ämter Ahaus, Bocholt und Horstmar im Fürstbistum Münster sowie die Herrschaften Anholt, Gemen und Werth. Nach der Säkularisierung des Fürstbistums Münster im Reichsdeputationshauptschluss fällt das Gebiet 1803 an das neu gebildete Fürstentum Salm, bevor es zur Durchsetzung der Kontinentalsperre 1811 in das französische Kaiserreich eingegliedert wird. Nach dem Abzug der französischen Truppen 1813 und dem Wiener Kongress wird das Gebiet Teil der preußischen Provinz Westfalen. 1816 erfolgt, bezogen auf das heutige Kreisgebiet, die Verwaltungsgliederung in die Landkreise Borken und Ahaus im Regierungsbezirk Münster. 1923 scheidet die Stadt Bocholt aus dem Kreis Borken aus und wird kreisfreie Stadt. Nach dem Zweitem Weltkrieg wird das heutige Kreisgebiet Teil der britischen Besatzungszone und 1946 Teil des neugebildeten Landes Nordrhein-Westfalen.
Im Zuge der Kommunalen Neugliederung 1975 werden die bisherigen Kreise Ahaus und Borken, die kreisfreie Stadt Bocholt, die kreisangehörige Stadt Isselburg (vormals Kreis Rees) sowie die Gemeinden Erle (vormals Kreis Recklinghausen) und Gescher (vormals Kreis Coesfeld) zum heutigen Kreis Borken zusammengeschlossen. Die bis dahin zum Landkreis Borken gehörige Gemeinde Dingden wird der neugebildeten Gemeinde Hamminkeln im Kreis Wesel angeschlossen.
Am 26. November 2005 wurde im Kreis Borken Katastrophenalarm ausgelöst. Durch starke Schneefälle am Vortag mit Neuschneehöhen von 30 bis 50 cm waren zahlreiche Freileitungsmaste zusammengebrochen. Zudem rissen zahlreiche Freileitungen, weil sie dem Gewicht des sie ummantelnden Eispanzers nicht mehr standhielten. Dadurch kam es zu Stromausfällen in tausenden Betrieben und Haushalten. Da durch den Stromausfall auch viele Heizungsanlagen in den Wohnhäusern nicht mehr funktionierten, mussten Notunterkünfte eingerichtet werden, um den betroffenen Personen bei Temperaturen um den Gefrierpunkt ein Obdach zu bieten. Um die Versorgung der Bevölkerung sicherzustellen, wurde Lebensmittelgeschäften in Städten und Gemeinden, die nicht vom Stromausfall betroffen waren, die Genehmigung erteilt, auch am 27. November 2005 (Sonntag) zu öffnen. Aufgrund des großen Kundenansturms wurden allerdings bereits am Abend des Vortages einige Grundnahrungsmittel knapp, weil man auf diesen erhöhten Bedarf nicht eingerichtet war. So war zum Beispiel Brot in vielen Läden nicht mehr erhältlich.
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